O Conselho Deliberativo é uma das instância de deliberação da FUP, formado por um representante de cada sindicato filiado e pelos integrantes da Diretoria da Federação. O Conselho é o órgão de formulação das políticas a serem implementadas cotidianamente pela FUP a partir das diretrizes deliberadas pelo Congresso Nacional (CONFUP) e pelas Plenárias (PLENAFUP). As reuniões ordinárias do Conselho Deliberativo devem ocorrer a cada semestre ou extraordinariamente, através de convocação feita pela diretoria da FUP.