A Comissão Interministerial anistiou 88 demissões, 443 advertências, 269 suspensões e 750 punições de trabalhadores que não receberam níveis e/ou aumento por mérito por participação nas greves de 94 e 95. Além disso, ao longo de sua existência, a Comissão contribuiu de forma decisiva para trazer de volta aos quadros da Petrobrás 966 trabalhadores anistiados das extintas Interbrás e Petromisa.
Aliando a luta política ao processo de negociação permanente com a Petrobrás, a FUP conquistou a anistia dos companheiros que haviam sido arbitrariamente demitidos e punidos por participação nas greves de 94 e 95. Essa vitória foi coroada ao conquistarmos o pagamento dos dias parados, no Acordo Coletivo de Trabalho 2006.
A luta pela anistia dos trabalhadores que ainda não foram contemplados continua. A FUP participa da Subcomissão de Anistia da Petrobrás (decreto 5954/06 referente à Lei de Anistia 8878/94), cujo propósito é anistiar os petroleiros da Nitriflex, Petroflex, Interbrás, Petromisa e de outras empresas do Sistema Petrobrás que foram extintas ou privatizadas pelo presidente Fernando Collor. Uma luta de mais de 16 anos por justiça, que esperamos concluir de forma vitoriosa.