Além disso, os problemas estruturais do Plano Petros o tornam suscetível a freqüentes déficits no futuro. Um quadro que vem se repetindo desde os anos 70 e que já chegou a comprometer mais de 100% do patrimônio líquido do fundo, como pode ser visto no gráfico ao lado, baseado nas demonstrações contábeis da Petros.
      O rombo aumenta de tamanho, se considerarmos o que as patrocinadoras devem ao plano. São dívidas não reconhecidas pela Petrobrás, mas que a FUP cobra na justiça, através de uma Ação Civil Pública (ACP) que está em fase final de perícia. Por exemplo: o Plano Petros não foi corretamente capitalizado até 1977 e não houve paridade contributiva até 1984, período em que os participantes pagaram mais para o plano do que as patrocinadoras. Outro problema foi a extinção e privatização das antigas empresas do Sistema Petrobrás que participavam como patrocinadoras do plano.
      Somam-se a estas dívidas os impactos atuariais causados por mudanças no regulamento do plano (é o caso dos artigos 41 e 42); as políticas de redução de efetivo (como os programas de aposentadoria precoce); a dívida de R$ 8,2 bilhões paga pela Petrobrás em 2001 com títulos públicos, cujos resgates estão previstos até o ano de 2032; e demais passivos que ainda não foram dimensionados, principalmente, os impactos do fator previdenciário sobre as futuras aposentadorias da previdência oficial.
      Para piorar a situação, a Secretaria de Previdência Complementar aprovou em 2003 um irregular acordo de separação de massas que dividiu o Plano Petros em nove planos independentes, rachando o patrimônio do fundo. Foi criado um plano para cada empresa patrocinadora: Sistema Petrobrás, PQU, Brasken, Triken, Ultrafertil, Copesul, Petroflex, Nitriflex e DSM Elastômeros. A FUP questiona na Justiça este acordo, que, além de esquartejar o Plano Petros, utilizou premissas atuariais defasadas no cálculo do rateio do patrimônio.